Проводил политику укрепления центральной власти, подавляя боярскую оппозицию. В 1467 г. разбил вторгшуюся в Молдавию венгерскую армию Матьяша Хуньяди145890. В 1475 г. разгромил турецкую армию у Васлуя (ныне на терр. Румынии), но в 1476 г. потерпел поражение в битве в Белой Долине (Рэзбоэнь).

Не получив существенной помощи от правителей европейских государств, Стефан III Великий вынужден был купить мир с турками ценой возобновления уплаты им дани. Исход длительной польско-молдавской войны был решен победой Стефана III Великого над польской армией в 1497 г. в битве в Козьминском лесу (Буковина). Этой победе способствовал военно-политический союз Молдавии с Русским государством, который был скреплен браком Ивана Ивановича Молодого, сына Ивана III Васильевича Великого, с дочерью Стефана III Великого Еленой «Волошанкой». Литовское войско, отправленное в помощь полякам, вынуждено было вернуться по требованию Ивана III. Умер Стефан III Великий в 1504 г. У молдавского народа сохранилось много преданий и песен об этом господаре.