При переправе Цезаря102(100)44 гг. до н.э. через Адриатическое море зимой 48– 45 гг . до н. э. Помпей настиг его корабли у Орика, частично потопил некоторые из них, а остальные взял в плен, отрезав Цезаря от сообщений с Италией.

После гибели отца боролся с Цезарем вначале в Африке, а затем в Испании, собрал вокруг себя большое войско из республиканцев и туземцев, сохранявших добрые воспоминания о его отце. В 45 г. до н. э. Гней Помпей во главе тринадцати легионов выступил против Цезаря, но был разбит наголову в сражении при Мунде, где и погиб.